一、菌肥撒施在地的表面

大家都知道，紫外线（波长240-280nm）对微生物菌有较强的杀灭作用或者有较强的杀菌作用，一般紫外线几秒钟就可达到杀菌效果，所以尽量避免在太阳光很强烈的时候施用菌肥，要在每天的早晨或者傍晚，或者是阴天的时候去施用。

菌肥含有活性菌，施用时必须埋于土壤中（除了液体的），不能撒施于地表，在地表的菌肥可能受阳光照射影响效果，遇到大风天气，粉剂菌肥还会飘散浪费。菌都不易存活，一般深施10-20厘米。

　　二、在高温干旱、温度零下的条件下施用菌肥

在高温干旱条件下使用微生物肥料，微生物菌的生存和繁殖会受到影响，不能发挥良好的作用，有可能还会把菌给杀死。而一般菌肥所能承受的低温也就是5℃，如果在冬天施用菌肥的话，一定要先测量好最低温度是多少，如果温度低于零下，菌肥中的菌很有可能会被杀死。因此，在施用菌肥的时候，一般要保持地温在5℃-35℃内施用，低于5℃菌种不能发酵繁殖，高于35℃菌种可能会被烧死，土壤湿度最好是60%左右。

三、菌肥与未腐熟的农家肥混用

很多种植户在给作物施用底肥的时候，会把菌肥和农家肥一起施用，觉得这样的话，对作物的效果更好。但是，如果种植户不小心施用了未腐熟的农家肥，那菌肥就会被未腐熟的农家肥杀死。

因为未腐熟的农家肥在继续腐熟的过程中会释放出高温，高温会杀死微生物，如果菌肥中含有不耐高温的菌种，那这部分菌种就会失活，效果大打折扣。

四、菌肥与农药、化肥同时施用

有时候，种植户种植的作物会出现根系发育不良等现象，可能会施用菌肥，也可能会施用化肥等帮助作物正常生长。但是，一定要记住，为了防止活菌被杀死，菌肥万万不能和杀菌剂、高浓度肥料溶液混用。另外，菌种繁殖需要中性或者弱酸性的环境，所以也不能和强碱性的草木灰混用。因为这些药、肥很容易杀死微生物菌。在施用时，如果种植户施用的菌肥与防病虫、除草相矛盾时，最好等到药剂持效期后再用菌肥。

如果用菌肥来拌种，切忌不要和已经拌好杀菌剂的种子混合使用。

五、菌肥施用在肥力不高的土壤上

现在，土壤问题越来越严重，而菌肥也慢慢地得到了不少种植户的认可。但是，不少人进入了另一个误区，以为菌肥是万能的，使用了菌肥就不用使用其他肥了，其实这是不对的。微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行，如果土壤中没有有机质，那施用了微生物肥也是白搭，因为菌根本就不会存活。

所以，单单施用菌肥是不可以的，要先施入有机肥来增加土壤中的有机质，再配合菌肥施用。这样，土壤的肥力才能够得到提高，作物才能够正常生长。

六、菌肥施用在过酸或过碱的土壤上

土壤偏酸或偏碱都不利于生物菌的生长繁殖，有可能微生物肥中的菌都会被杀死。其实，土壤酸碱值在6.5-7.5之间时最适合生物菌的繁殖，只要让土壤酸碱值达到6.5-7.5，就能保证生物菌大量繁殖。不过，还要参考作物适宜的酸碱度去种植。

七、长时间暴露在空气中的菌肥

有时候，种植户买的菌肥多了，但是却用不完，就随便把袋子绑着，没有把袋子绑严实。但是，长时间不用，袋子又没绑严实，就会有其他的杂菌侵入袋子内，微生物菌群就会发生改变，种植户再施用的时候，可能微生物肥中的菌已经被杂菌污染或者失活，作用效果肯定不好。所以，当种植户打开一袋菌肥用不完的时候，一定要把袋子绑严实了！